Епископ Афанагний родился в городе Себастия, в христианской семье. «Житие Святых» рассказывает, что Афанагний жезлом и молитвой победил дракона, нарушающего покой жителей города, за что митрополит Себастии назначил его епископом города Питакто (Малый Айк). Во времена гонений императора Диоклетиана Афанагния, вместе с десятью учениками, привели в суд. За отказ принести жертву идолам все они были обезглавлены.
Св. Григорий Просветитель был женат на сестре епископа Афанагния Мариам до того, как перейти на службу к царю Трдату. Возвращаясь из Кессарии, вместе с мощами Св. Иоанна Крестителя он привез в Армению также мощи епископа Афанагния и захоронил их в монастыре Глака в Таронской губернии.
Армянская Апостольская Церковь отмечает День памяти епископа Афанагния три раза в году.