Сюникская епархия является одним из древнейших и влиятельнейших центров в лоне Армянской апостольской церкви. Целостные и довольно подробные сведения о ней сохранились во многих хрониках и летописях, но преимущественно в «Истории» видного ученого ХIII в., летописца, поэта, общественного деятеля, епископа Степанноса Орбеляна (1245-1305), который сам являлся митрополитом Сюникским.
Согласно Орбеляну, епархиальный престол в Сюнике основал в IV столетии сам Григор Просветитель. Если учесть, что св. Григор, как известно, определил по епископу на каждое княжество, иначе и быть не может.
В более поздний период Сюникская кафедра была в числе тех четырех могущественных епархий, без согласия которых избрание Католикоса Всех Армян не считалось действительным.
Среди ныне существующих епархий нашей Церкви Сюникская являлась единственной, обладавшей в Средние века статусом митрополии. Предполагается, что митрополия была утверждена в Х в., что связано с усилением и стремлением Сюника к провозглашению самостоятельного царства. Во всяком случае, в письменных источниках впервые именно так ее называет католикос Анания I Мокаци (946-968) в своем труде «О восстании Алуанского дома». Орбелян же настаивает, что Сюникская кафедра получила право на митрополию в IV в. от католикоса Нерсеса I, а остальные 12 епархий региона перешли под ее власть.
Мятеж сюникского епископа Акоба I против армянского духовного престола в Х в., его центробежные устремления и попытки слиться с Алуанским католикосатом привели к тому, что католикос Анания I низложил Акоба и лишил кафедру степени митрополии. Сюникские епископы после Акоба не носили титула митрополита до 1006 г., когда католикос Саргис I, идя навстречу просьбам правителя Сюникского края Васака, его дочери – армянской царицы Катранидэ и сюникских князей, восстановил митрополию. Католикос вернул ей все привилегии и рукоположил монаха Ованнеса, вызванного им в столичный Ани, в митрополита Сюникского. В честь такого события католикос вручил Ованнесу хранившийся в католикосате «крест Сюника, символизирующий митрополитскую степень, а также златотканую хоругвь, украшенный самоцветами жезл и честной паланкин».
Митрополит получил привилегию рукополагать епископов и хорепископов (сельских епископов), архимандритов и священников для подчиненных ему 12 епархий, раздавать получаемое из католикосата миро своим монастырям и церквям, созывать поместные соборы, регулировать и разрешать церковные споры и административно-территориальные проблемы, контролировать дело просвещения и образования.
Это был не единственный случай наказания и примирения. Армянские католикосы, стремясь положить конец центробежным устремлениям непокорных сюникских епископов, неоднократно лишали их степени митрополита, отбирали митрополичий крест, жезл и паланкин. В очередной раз степень митрополии Сюникской кафедре был возвращен в ХII столетии католикосом Григором III, вызвавшим в Киликию монаха Григора Мегреци для рукоположения в епископы и назначения на должность Сюникского митрополита.
В период правления митрополита Степанноса III (1170-1216) его кафедрой стал монастырь Нораванк в Амагу, что было обусловлено ликвидацией Сюникского царства, упадком Татевского монастыря и утверждением княжеских родов Капана в местности Вайоц-Дзор, где и находился Нораванк.
Резиденция Сюникского митрополита изначально находилась в поселке Шахат, затем была перенесена в Татевский монастырь и, наконец, Нораванк. В 1216 г. Сюникский престол был разделен на две кафедры – Нораванк и Татев, что послужило многолетним конфликтам и раздорам, приведшим к расформированию митрополии. В 1287 г. Сюникскую духовную кафедру возглавил Степаннос Орбелян, получивший из рук католикоса Костандина II степень епископа вместе с должностью Сюникского митрополита и протофронтеса Армении Великой, т.е. представителя католикоса. Это давало ему право контролировать деятельность епархий, поскольку сам католикосат находился в далекой Киликии – у средиземноморского побережья. Только после этого напряженные отношения между монастырями пошли на убыль, а оба предстоятеля объединились под властью митрополита.
В годы правления Степанноса Орбеляна Сюникская митрополия переживала период беспрецедентного расцвета. Орбеляну удалось улучшить экономическое положение своего престола, он расширил земельные владения Нораванка и Татева, чем вывел митрополию из состояния упадка. Он восстанавливал храмы, строил новые, и Сюникский край стал играть ведущую роль в духовной и общественной жизни страны, превратившись в крупный культурно-образовательный центр. Находящиеся на территории Сюникской епархии монастыри Танаат (V в.), Сюни (VII в.), Татэв (IХ-ХVII вв.), Хотакерац (IХ-ХI вв.), Цахац-кар (Х-ХI вв.), Аратес (ХI в.), Гермон (Х-ХVII вв.), Танадэ (ХIII в.), церкви Бхено Нораванк (Х-ХI вв.), Гндеванк (Х в.), Воротнаванк (ХI в.), Ваанаванк (Х-ХI вв.), Нораванк (ХIII-ХIV вв.), Гладзорский университет (ХIII в.), Большая Сюникская пустынь, Большая Татевская пустынь (все три – ХVII в.) находились в авангарде церковной, культурной и образовательной жизни Армении. Под эгидой монастыря Св. Степанноса в Танаате был основан Гладзорский университет, материально поддерживавшийся княжескими домами Прошян и Орбелян. Степаннос Орбелян называл Гладзор «заветом страны Армянской».
Основанный позже Татевский университет, продолживший высокие научные традиции Гладзора, современники называли «вторыми Афинами». Преподававшие в этих университетах монахи развернули яростную борьбу с западными проповедниками, стремившимися перетянуть Армянскую церковь в лоно католичества. Их деятельность коснулась и латинофильской политики восседавших в Киликии католикосов, стремившихся к унии с Латинской церковью. В Восточной Армении монашество рассматривало унию как угрозу не только национальной Церкви, но и государственности вообще. Среди прославленных ученых и деятелей культуры Сюникского края описываемого периода назовем прежде всего Есаи Ничеци, Ована Воротнеци, Григора Татэваци, Тороса Таронаци, зодчего Момика, миниатюриста Авага.
В ХIХ в. Сюникская епархия была расформирована после выхода «Положения об управлении делами Армяно-Григорианской церкви в России» (1836) императора Николая I, а ее территория введена в состав Эриванской (Араратской) епархии.
В 1988 г. католикос Вазген I своей грамотой вывел Сюникскую епархию из состава Араратской и сформировал в Зангезурском крае новую кафедру. Епархия была вновь переформирована в 1996 г. указом католикоса Гарегина I и ныне охватывает области Сюник и Вайоц-Дзор. Кафедральной церковью епархии является храм Св. Григора Просветителя в городе Горис.
Действующими в пределах Сюникской епархии монастырями и церквями сегодня являются Сурб Григор Лусаворич в Горисе, Сурб Трдат в Вайке, Сурб Анна в Малишке, Сурб Акоб в Мартиросе, Сурб Ованнес в Таратумбе, Сурб Аствацацин в Ехегнадзоре, Сурб Хач в Гладзоре, Сурб Степаннос в Татэве, Сурб Норакнунк в Веришене, Сурб Аствацацин, Сурб Ованнес в Мегри, Сурб Ованнес в Сисиане, Сурб Аствацацин в Арени, Сурб Месроп Маштоц в Капане, Сурб Рипсимэ в Гегануше, Сурб Геворг в Цаве, Нораванк и Гндеванк.