Египетская община имеет долгую историю. Первые армяне появились на территории страны, предположительно, в VI или VII вв., но это были армяне, исповедовавшие ислам. За долгое время существования исламской армянской общины Египта ее представителям удалось добиться больших успехов в стране: некоторые ее представители достигали высоких должностей, были губернаторами, генералами и визирями.
Армяне прибывали в Египет не только по собственной воле. Большое количество армян было захвачено во время набегов на Киликийское царство между 1266 и 1375 годами. Среди них было много христиан, которые, попав в исламскую страну, продолжали исповедовать свою религию.
В XIV веке, во время раскола в Армянской церкви, армяне-христиане Египта оказались в юрисдикции Иерусалимского патриархата Армянской апостольской церкви.
В начале XX века армянская колония в Египте пополнилась беженцами из Османской империи. По данным переписи 1917 года, в стране проживали 12 854 армяна. Крупнейшие общины были в Александрии и Каире. К египетской революции 1952 года, по некоторым оценкам, в стране жили уже около 40 тысяч армян.
После революции число армян в стране из-за проводимых реформ постепенно сокращалось. Египетские армяне, занимавшиеся бизнесом, пострадавшим от национализации, они предпочли покинуть страну. В результате миграционных процессов армянское население Египта сильно уменьшилось и сейчас составляет менее 6 тысяч человек.
Армянская апостольская церковь в Египте является одной из основных организаций, сплачивающих армянскую общину страны. Кроме этого, египетская епархия Армянской апостольская церкви, находящаяся под юрисдикцией Первопрестольного Эчмиадзина, является хранителем основных материальных активов общины, таких как пожертвования, недвижимость в виде сельскохозяйственных земель и другой собственности, завещанной поколениями благотворителей.
В стране сейчас действует два храма Армянской апостольской церкви: в Каире и в Александрии.
Кроме этого, в юрисдикции епархии находятся церковные общины Эфиопии, Судана и Южной Африки.
Центром армянской общины Эфиопии является церковь Святого Георга в Аддис-Абебе.