В разные периоды территория епархии делилась между разными епископскими кафедрами. В эпоху раннего Средневековья Арагацотн находился под надзором епископов княжеского дома Аматуни. Самостоятельная епархия Арагацотна была сформирована грамотой Католикоса Всех Армян Гарегина I в 1996 г. Она охватывает территорию одноименной области, что составляет большую часть областей Арагацотн и Ниг исторического Айраратского края. Десять храмов епархии были построены в V-VII вв. Кафедральный храм епархии Св. Месропа Маштоца находится в Ошакане.

Глава Епархии

Епископ Мкртыч Прошаян

Краткая биография

Его Преосвященство Епископ Мкртыч Прошян (в миру Айк) родился 13 августа 1975 года в г. Эчмиадзине (Армения). Учился в средней школе № 4 им. Хачатура Абовяна в 1981-92 годах. 

В 1985-90 годах учился в школе исскуств Тадевосян. С 1991 по 1993 год занимал пост председателя местной молодежной церковной организации Эчмиадзина. 

В 1993 году поступил в Духовную Семинарию Вазгенян. В 1998 перевелся в Духовную Семинарию Геворгян Первопрестольного Святого Эчмиадзина. 

23 мая 1999 года рукоположен в сан диакона Его Высокопреосвященством Архиепископом Восканом Галпакяном. После окончания семинарии был направлен в центр христианского воспитания Святого Эчмиадзина как ответственный по обучению преподавателей религии, где проработал до 2001 года. 

В 2000 году успешно защитил кандидатскую диссертацию на тему «Интерпретация литургии Хосрова Андзеваци». 

14 января 2001 года был рукоположен в сан иеромонаха Его Преосвященством Гарегином II и наречен именем Мкртыч.

С 2001 по 2003 год учился в университете Лидса (Великобритания) и получил степень бакалавра искусств. Во время учебы он также служил духовным пастырем армянской общины Манчестера, Англия. Отец Мкртыч продолжил образование в университете Кардиффа и после успешной защиты диссертации на тему «Классическое искупление и феминистская теология» получил диплом магистра богословия.

В октябре 2004 года отец Мкртыч вернулся в Армению и был назначен исполняющим обязанности ректора Духовной Семинарии Вазгенян, а в 2005 году был назначен ректором и служил там до 2008 года. В течение этого времени он также преподавал курс теоретической теологии в Семинарии Вазгенян и Семинарии Геворгян.

В 2006 году отец Мкртыч защитил диссертацию на тему «Попытка анализа феминистской сотериологии» и получил сан архимандрита (вардапета) в церкви Святого Месропа в Ошакане от Его Высокопреосвященства Архиепископа Езника Петросяна.  

В 2007-2008 годах учился в Ереванской политшколе (Yerevan School of Political Studies).

В марте 2008 года отец Мкртыч отправился в США, где был назначен на должность исполняющего обязанности настоятеля прихода церкви Свв. Саака и Месропа  в   Филадельфии (Пенсильвания).

В сентябре 2009 отец Мкртыч вернулся в Армению и был назначен на должность главы Арагацотнской епархии, где и продолжает служить сегодня. 

Епископ Мкртыч опубликовал несколько работ, в том числе перевод классической армянской духовной работы «Толкование Божественной литургии» Хосрова Андзеваци и исследование проповеди «Заповедь для всех служителей церкви» Вардана Айгекци.